De missie van SEIN is helder: wij verbeteren de kwaliteit van leven van mensen met epilepsie en slaapstoornissen. Wij stellen al onze kennis en kunde in het werk om dit te bereiken. Onze missie is vastgelegd in het Strategisch Meerjarenbeleidsplan SEIN 2022-2025.
Vanaf 2020 is SEIN ook gestart met de behandeling van syncope, dat is de benaming voor een kortdurende bewusteloosheid. Deze wordt veroorzaakt door een verminderde bloedtoevoer naar de hersenen. SEIN stelt haar werkzaamheden ook in dienst van mensen met deze aandoening.